1. CDK (Chemistry Development Kit)
官网：https://cdk.github.io/点击打开链接
CDK是结构化学信息学和生物信息学的开源Java库。 该项目由Christoph Steinbeck，Egon Willighagen与Jmol和JChemPaint的开发人员Dan Gezelter于2000年发起。迄今为止，它是在科学界广泛支持下开展的最活跃的开源化学信息学项目之一。
CDK工具包为开发化学信息领域的新软件提供了许多功能，例如各种化学输入/输出（I/O）文件格式，包括简化的分子输入行输入系统（SMILES），化学标记语言（CML）和麻省理工学院设计语言（MDL）； 结构发生器;；2D图表编辑和生成；3D几何图形生成；使用精确结构和SMARTS类查询进行子结构搜索；定量构效关系分子描述子计算（QSAR）研究；指纹计算；国际化学标识符（InChI）支持；在生物信息学领域，功能包括同源配体检测，代谢物鉴定等。
2. RDKit
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